陰超存在一些看不到的地方。陰超有一個禁忌是未婚婦女、沒有同房史的女性患者絕對不可做陰超，因為做陰超可能會捅破處女膜；對于陰道大量出血的患者，也不主張做陰道超聲，除非懷疑出現宮外孕或出血，但盡量在出血減少時做。懷孕早期時，可做陰道超聲，但不會停留時間太長，盡可能地會加快，盡量了解想要了解的信息，如是否有孕囊、孕囊內的胚胎是否存活，需以最快的速度去查看，而且是以二維的形式，不打彩色，避免超聲對胎兒和孕婦造成影響。