支原體是微生物的一種，艾滋病是一種病毒性疾病，所以兩個疾病完全不一樣。支原體感染最常見的是小孩呼吸道感染、肺部支原體感染等。艾滋病為經過特殊途徑感染的疾病，比如最常見的性途徑傳播，個別的就是通過母嬰傳播，即母親患有艾滋病病，然后傳給胎兒。另外艾滋病還可以通過乳汁傳播和血液傳播，比如艾滋病患者的血液輸給正常人以后，正常人可能會感染艾滋病病毒。支原體是非典型肺炎的代表性病原菌之一，主要表現是間質性肺炎，臨床表現以發熱、咳嗽為主。此外，兒童感染肺炎支原體的幾率比較高，目前社區獲得性肺炎中的兒童肺炎，有40%-50%的患病原因可能由支原體感染引起的。支原體與艾滋病治療時的藥物也完全不一樣，支原體一般都是使用大環內酯類藥進行治療，像紅霉素、多西環素等可用于治療支原體肺炎；而艾滋病病毒的治療與支原體感染完全不一樣，它是用抗病毒藥物進行治療。