目前為止，多囊卵巢綜合征的病因并不十分清楚，有可能是代謝的原因，也有可能是遺傳的因素，也可能是環境的因素共同作用所致。在門診中經常會發現多囊卵巢綜合征患者的姐妹也可能患有這個疾病。但是又有一些情況，例如單卵雙胎里面，其中一個的女孩子患有多囊卵巢綜合征，但是她的單卵雙胎的姐妹可能沒有這個病，所以說多囊卵巢綜合征有可能不是單一因素引起的，可能是由于多種因素的共同作用。另外，有一些常染色體上多基因的基因突變，可能也參與了多囊卵巢綜合征的發病過程。所以，通過前輩、專家的臨床研究，到目前為止，沒有找到一個單一的發病的原因可以解釋多囊卵巢綜合征所有的問題。