應該隨著激光技術發展，隨著手術醫生、手術技的提升，激光治療近視發生后遺癥的可能性越來越低。但既然是手術，終歸可能產生后遺癥，目前臨床上最多的是干眼癥。因為激光手術在角膜用激光進行切削，不可避免會傷及神經末梢，導致術后干眼或原有干眼癥狀加重。激光治療近視后，可能發生欠矯或過矯，這是手術設計的原因，在術后可能視力鏡片做得不夠或大，表現為術后視力欠矯或過矯。此外在術后視力比較好，過一段時間后，有些手術會發生視力波動，甚至視力回退，也是激光治療后可能發生的后遺癥。此外激光治療近視還有其他問題，雖然視力很好，但可能會發生眩光、光暈等視覺質量不佳的情況。其他包括術后感染，如瓣下渾濁、黑影等現象，都有一定發生幾率。但是總體而言，激光治療近視是比較安全的手術。