甲狀腺腫的治療分為內科治療和外科治療。對于良性的單純性甲狀腺腫，患者通過補充碘劑，甲狀腺會逐漸恢復正常，這是內科治療。對于毒性彌漫性甲狀腺腫的治療，需要內分泌科醫生進行抗甲亢治療，包括鎮靜劑及降心率治療。如果這些治療均沒有效果，或患者經過治療之后，甲狀腺仍然較大，甚至壓迫呼吸，就要采取碘-131治療以及外科治療。外科治療切除的范圍需根據患者要求以及甲狀腺的大小確定，一般至少要保證甲狀腺后被膜的甲狀腺次全切，主要為保護患者的甲狀旁腺及喉返神經不受干擾。甲狀腺腫需由專科醫生判定是否需要外科治療，絕大部分甲狀腺腫的患者僅需內科治療，包括現在甲狀腺結節的碘劑治療，因為目前食用的均為加碘鹽，缺碘引起的單純性甲狀腺腫比較少見。