淋病并發癥相較于普通的一些淋菌性尿道炎、宮頸炎，它的癥狀較重，病程一般也較長，所以淋病并發癥治療的療程是相對較長。使用的藥物與普通的、常規的淋病是同樣的。也可使用頭孢曲松鈉1g/d，療程一般至少10天。如對頭孢曲松鈉過敏，可選用大觀霉素2g/d，療程也是10天。女性患者合并盆腔炎感染，通常需加用多西環素和甲硝唑，進行抗厭氧菌感染治療。如出現少見的并發癥，如心內膜炎、心包炎、腦膜炎，療程應相應延長，一般療程在14-28天左右。