膽汁反流是一個綜合性因素，包括有胃腸道動力的因素，也有幽門括約肌的因素，所以治療膽汁反流也是綜合性治療。在臨床上可以應用三類藥物進行：第一類藥物就是吸附膽汁的藥物，這一類藥物以前最常用的藥物是消膽胺，現在更多常用的是鋁碳酸鎂這一類的藥物，這一類的藥物不僅僅可以吸附膽汁，而且可以保護胃黏膜，所以在臨床上最先選用；第二類藥物是促進胃腸道動力的藥物，單純的胃動力藥可以用多潘立酮，全胃腸的動力藥可以用伊托必利、馬來酸曲美布汀這一類的藥物；第三類藥物是膽汁反流對胃可以造成一定的炎癥，適當的應用抑制胃酸的藥物，可以對胃黏膜起到保護的作用。這三類藥物需要聯合應用，但是藥物本身也有一定的副作用，所以在應用前要在臨床醫生的指導之下。膽汁反流癥狀比較輕的可以達到自愈，但是有一部分病人可能會反復的發作，在飲食上也需要進行一定的調整，比方不能吃的過于飽，不要吃得十分油膩和十分甜的食物，這些都有利于癥狀的控制。