單側腎囊腫的治療，需要根據腎囊腫的具體情況而定，具體如下：1、如果單側腎囊腫<3個，大小<5cm，向外生長，則通常不需要特殊治療，進行臨床觀察即可；2、如果囊腫的數量多，體積比較大，向內生長，并且有可能對腎臟造成壓迫，導致病人損失一部分腎功能以及出現局部的結石、誘發感染等，這時需要積極治療腎囊腫。通常治療的方法是手術治療，包括穿刺抽囊液和打固化劑、去頂減壓術、囊腫切除術。