首先要明確肩胛骨疼的大致的原因，才能確定掛什么科。首先，肩胛骨疼屬于運動系統疾病，肩胛骨屬于運動系統的一個重要的單位，是連接上肢和軀干的重要結構，所以肩胛骨局部疼痛首先應該到綜合性的醫院骨科就診。隨著醫學的發展，以及骨科的發展，許多的專科都在細化。比如說骨科分成了許多科室，比如運動醫學科、脊柱科、肩肘外科、關節科以及足踝科。如果肩胛骨疼，在相應的醫院里面有肩肘外科，首先要掛肩肘外科，排除肩胛骨局部的問題。如果已經排除肩胛骨局部的問題，很可能肩胛骨疼痛是由頸椎放射導致的肩胛骨局部疼痛，可以掛骨科里面的脊柱科。脊柱科主要是診斷脊柱相關的疾病，包括頸椎、胸椎和腰椎。肩胛骨疼痛有很大一部分是因為頸椎病導致的，因此掛脊柱外科是不會有錯的。