目前肛裂沒有什么特效藥，肛裂通俗來說的話可分成兩期。第一早期肛裂或者新鮮肛裂。肛裂剛剛發生，創面組織都比較新鮮，沒有形成疤痕、潰瘍，沒有肛裂三聯征、五聯征，可以通過藥物或者是坐浴、熏洗來達到治愈的目的，常用的藥物跟痔瘡差不多，出血可用些止血的藥物，如地奧司明片、裸花紫珠；疼痛可以用一些止疼的藥物。坐浴、熏洗對新鮮的肛裂治愈效果比較好，通過坐浴、熏洗改善局部的血液循環，藥物直接到了創面，保持局部清潔，促進傷口的修復。第二陳舊性的肛裂，或就是出現了明顯的潰瘍、疤痕、肛裂三聯征、五聯征，則需要通過手術解決。臨床上也有報道說硝酸鹽或肉毒素的注射也有治療效果，但效果據觀察沒有直接做手術快、治愈率高。