生殖器皰疹患者感染臨床癥狀往往不太典型，目前1/3的患者感染單純皰疹病毒Ⅱ型時會出現臨床癥狀，這部分人的潛伏期兩天到兩周不等。生殖器皰疹感染之后，后期存在反復發作的過程，潛伏期跟患者接觸的誘因和身體的免疫狀態有關，一年四次或十幾次都有可能。生殖器皰疹感染的患者，在無臨床癥狀期和復發性生殖器皰疹患者的間歇期，都可以存在無癥狀排毒，仍然有傳染性。在這個期間，病毒學檢測不一定能完全檢測出病毒DNA，對于性伴侶有傳染的風險。在患者沒有臨床癥狀前，可以通過檢測血清學皰疹病毒抗體來初步篩查是否感染皰疹病毒。