脊髓縱裂的手術風險類同于所有脊髓的手術，脊髓是傳導肢體活動、感覺以及大小便這些括約肌的功能，如果在手術過程中引起脊髓損傷或者神經損傷，術后有可能出現雙下肢活動較差，甚至雙下肢完全癱瘓，出現大小便失禁或皮膚感覺障礙等，這是神經損傷的問題。還有做完手術以后，在傷口下可能形成積液。積液一般是硬脊膜的縫合不嚴密引起的腦脊液漏，有時會持續很長時間，在治療上有時要穿刺，反復穿刺再包扎。若腦脊液漏較嚴重，還需重新做手術進行修補。脊髓縱裂術后還有可能引起傷口感染，這種傷口感染可以經過手術野，波及到脊椎管脊髓內引起中樞神經系統感染。手術還會有其他問題，如極少數患者還可以引起腦積水，這種情況比較少。這些都是術后主要的并發癥。