新生兒腦積水患者如果經過正規治療，行三腦室底造瘺術或腦式腹腔分流術或者腦室腹腔外引流術，其治愈有效率達到90%-95%左右，但在治療過程當中容易出現感染，容易出現管子梗阻，但是都有辦法解決，這類病人經過治療以后不影響生活質量與智力。未經治療的腦積水患者預后較差，50%的病人在3歲以內死去，近20%-30%的病人活到成年，活到成年的腦積水患者當中僅有38%有一般智力。如果伴有癲癇、意識障礙，患者行腦積水分流手術效果不佳，分流并發癥反復出現的腦積水患者預后較差。腦室積水分流術的技術發展使嬰幼兒腦積水的預后有很大的改善，很多做了分流手術腦積水的患兒擁有了正常的智力，參加了正常的社會活動。約95%左右的腦積水分流術患兒智力超過80%以上，減輕了社會和家庭的負擔。