腦積水分流術的主要并發癥是感染，發生率占7%-10%，在嬰幼兒患者中占更高的比例，甚至達到30%以上。分流術后感染包括傷口的感染并累及分流管，以及腦室感染、腹腔感染和感染性假性囊腫。新生兒腦室腹腔分流術感染的危險因素是小年齡、低體重、皮膚條件差、手術時間長、伴有開放性神經管的缺損，術后傷口腦脊液漏或傷口哆開，如小兒感冒引起的肺炎，感染的病人常伴有低燒不退或有分流障礙等征象，或有腦膜炎、腦室內炎癥、腹膜炎或蜂窩織炎的表現。臨床表現主要為煩躁、頭疼、惡心、嘔吐、昏睡、食欲減退、腹痛，分流管處紅痛等癥狀。頭部CT可顯示腦室有改變或者沒有改變，一旦懷疑分流管的感染，應抽取分流管內腦脊液進行化驗，查取腦脊液內常規及生化檢查，并做腦脊液細菌培養及藥物敏感試驗，查外周血常規及血培養，同時靜脈廣泛運用抗生素。如腦脊液檢查證實感染，需要手術拔出分流管，腦室外引流并留置中心靜脈，全身合理應用抗生素，直到感染得到控制，新的分流管得到重新安置。