經常清洗肛門不會造成具體傷害，但清洗肛門時清洗肛腸內部會減少相應油脂分泌，不利于保護肛周皮膚。肛門為完整生理結構，尤其是肛竇，可分泌黏液潤滑大便，保持肛周濕潤性。間斷性清洗肛門以及肛周坐浴可加快局部血液循環，有利于肛周健康。適當清洗肛門為較健康的方法，肛周疾病一般為感染性疾病，肛周清潔可減少感染性疾病。通過清洗肛門可減少肛周細菌積聚，并且可以及時發現肛周疾病，因此清洗肛門有利于肛門健康，早發現、早診斷為較多疾病治療的基本原則。