哺乳期尿路感染抗生素的選擇非常關鍵，不僅要選擇能有效治療泌尿系感染的藥物，還應注意避免能夠提供乳汁代謝的藥物，以免對嬰幼兒發育造成影響。通常選擇頭孢三代，比如頭孢地尼、頭孢克肟等，因為頭孢三代能有效的覆蓋到泌尿系感染的大部分細菌，包括大腸埃希菌等。 另外，局部要注意清洗，可以用1:5000的高錳酸鉀溶液或者稀釋過的康復新液進行外用，保持尿道外口的清潔。總之，要避免選用對嬰兒造成影響的藥物，如喹諾酮類藥物、磺氨芐類藥物等。