一般而言，早期的肛周膿腫沒有形成膿腔時，可以考慮使用藥物治療，以抗炎藥為主，同時可以采取外敷或高錳酸鉀坐浴治療，但是這種方法基本上無法治愈肛周膿腫。肛周膿腫形成之后，使用所有的抗生素與外用藥物均無效，僅有手術治療才能夠根治肛周膿腫。因為肛周膿腫的位置和直腸的位置比較接近，所以較多患者對其病情的判斷會產生失誤情況，就是無法辨認痔瘡和膿腫。所以患者的肛門一旦出現腫物、疼痛，應該及時來醫院就診，通過醫院進行診治。如果明確是肛周膿腫，根據患者的情況決定，是否采取手術治療或先保守后手術治療。