肝癌的射頻消融手術中由于穿刺針非常纖細，比如常用的穿刺針直徑只有1-2mm，所以穿刺的傷口并不會有明顯的疼痛、感染癥狀。 主要的痛苦有可能來源于在加溫或者降溫的時候，對肝臟表面神經或者肝臟周圍的正常臟器帶來的刺激性作用，比如對膽囊或者腸管的刺激作用，在術中或者術后對患者造成不舒適的感覺，另外，肝臟的腫瘤如緊挨腸管，在進行根治性消融的時候，有可能會損傷到腸管，而造成腸瘺，患者則會出現腹痛、腹腔感染等一系列相關性的反應，需要用其它的治療方式緊急性地修補和處理。 另外一些較大的肝臟腫瘤，在進行完一次性消融的時候，術后可能會出現發熱、疼痛、惡心等胃腸道反應，統一稱之為肝癌消融后綜合征，這一類患者多數通過藥物，及其他治療方式的調理，多數在幾天之內就會緩解，從而使患者有較好的治療感受。