藥物和手術治療現在是子宮內膜異位癥治療的主要手段，根據該病的不同臨床表現和患者特點，采用不同的方法，有的患者采用藥物治療，有的患者采用手術治療，有的患者采用藥物結合手術治療。現在子宮內膜異位癥藥物治療的內在機制是抑制卵巢功能，因此通常有強烈生育愿望的女性，就比較少使用藥物治療，藥物還可以采用對癥，比如像解熱鎮痛藥物，像芬必得止痛，也可以配合以口服短效避孕藥或者孕三烯酮來治療，或者用Gn-RHa的治療也是比較有效的。但是這種藥物治療，一定要注意長期使用帶來的低雌激素一系列的副作用，長期使用因為可以抑制排卵，引起月經不潮，可以產生陰道干澀、閉經、潮紅，還有長期應用會導致輕度骨質丟失或者骨痛，也可以伴有陰道分泌物或陰道少量出血，注射局部可以出現疼痛和瘙癢，也有少數會出現藥物不良反應，像頭痛、發熱、瘙癢、皮疹等。孕酮是現在用的比較多的子宮內膜異位癥的藥物，類似孕激素的合成藥物，口服孕激素治療用于治療子宮內膜異位癥也是比較有效的。大部分患者使用孕酮后疼痛減輕或者消失，但是面臨的問題是停藥以后容易復發。子宮內膜異位癥是慢性病，藥物一般治療確實無法根治，長期用藥可以緩解癥狀，但是使用藥物一般不建議超過6-12個月，用藥還要考慮年齡、卵巢儲備功能、不孕癥持續的時間以及其它不孕因素。