子宮內膜異位癥引起不孕的原因比較復雜。第一個原因可能是由于子宮內膜異位的病灶，位于卵巢或者子宮韌帶、盆腔腹膜時，卵巢上的實性病變，或者影響卵巢的排卵，黃體功能不足，同時可以引起輸卵管、卵巢的粘連，盆腔周圍的粘連，影響到精、卵結合。同時子宮內膜異位癥本身的免疫異常表達以及炎性因子的表達，整體可以破壞受孕的大環境，故而會導致不孕癥的發生。子宮內膜異位癥一般好發的年齡通常是在生育期的女性，所以對于合并不孕癥的女性，通常會帶有這樣的疾病就診。對于這樣的女性，正常人群一般是1%-10%的發病幾率，而對于合并子宮內膜異位癥不孕患者的女性，一般主張盡快就診治療，而不建議慢慢的治療。