雙胎妊娠的孕婦也屬于無創DNA檢測的慎用人群，目前無創DNA主要還是適用于單胎，無創DNA檢測的準確性與胎兒游離DNA的數量密切相關，單卵雙胎遺傳物質一致，在胎兒游離DNA總濃度達到4%時便足以進行檢測，與單胎相似。而雙卵雙胎染色體核型常不一致，如果異常胎的游離DNA低于臨界值4%，正常胎兒的DNA量又足夠多，總濃度的游離DNA量達到了檢測所需要的最低值，檢測結果可能因為正常胎掩蓋異常胎而提示為低風險，可導致漏診的發生。因此醫生需告知雙胎妊娠的孕婦進行無創DNA，其檢出率下降，假陰性率上升，孕婦權衡利弊并明白風險，還是可以選擇進行無創DNA檢測。