國家最新的指南出了一個內異癥的長期管理，長期管理就因為它像高血壓病、糖尿病，在醫療的嚴格的角度來說，內異癥沒有治愈的，只是減少和避免內異癥復發，要求長期的管理。內異癥長期管理是手術后也好，或者非手術的病人有內異癥，有痛經的病人，現在很多醫院都對內異癥的病人建立檔案，作為長期的管理。如果對疼痛的處理減少病人的疼痛，如果懷孕的病人做方案，甚至懷孕的病人解決懷孕的問題。還有如果內異癥的病人有囊腫，出現內異癥的巧克力囊腫，該手術處理的要手術處理，手術處理后結合藥物預防復發。總的目的是減輕病人疼痛，減少內異癥復發，還有長遠的管理。