雙胎妊娠出現胎兒結構異常的概率較單胎妊娠高1-2倍，在雙卵雙胎妊娠中，胎兒畸形的發生概率與單胎妊娠相似，而在單卵雙胎中胎兒畸形的發生率增加2-3倍。最常見的畸形為心臟異常、神經管缺陷、面部發育異常、胃腸道發育異常和腹壁裂等。建議在妊娠18-24周最晚不要超過26周，對雙胎妊娠進行超聲結構篩查，雙胎妊娠容易因胎兒體位的關系影響結構篩查的質量，導致篩查較為困難。有條件的醫療機構可以根據孕周分次進行，包括胎兒心臟在內的結構篩查，如發現可疑異常，應及時轉診至區域性的產前診斷中心。雙胎妊娠通過三維超聲進行胎兒畸形的排查最佳時間段為孕22-26周。