倍氯米松作為一種激素，可能會產生一些不良反應，但是倍氯米松的不良反應較小，作為表面激素吸進去的量非常少，還是要注意一下。最常見的不良反應是口腔潰瘍，因為倍氯米松通過口吸到氣管里面，經過口腔時會在口腔停留，就要預防口腔潰瘍。建議患者在用藥以后喝點清水，然后漱一下口，把水吐掉，只要做得好防范措施，口腔潰瘍的副作用很小。另外倍氯米松作為激素，患者擔心會引起骨質疏松，其實不用擔心，倍氯米松吸進呼吸道治療哮喘時用量非常少，而且對身體的激素軸的抑制很弱。再加上成年人每天的正常飲食、喝牛奶、吃鈣片也不會引起鈣質下降和骨質疏松，不過建議患者每年做一做骨質疏松的監測，看有沒有骨質疏松。