多囊卵巢綜合征目前病因不明，可能與遺傳因素有關，是遺傳因素與后天環境一起作用形成。在詢問一些多囊卵巢綜合征患者病史的時候，她的母親或者姐妹可能也有一部分同時存在多囊卵巢病史。還有就是多囊卵巢患者的父親也可能有男性常見的脫發禿頂情況，那么他的女兒會容易患多囊卵巢綜合征。目前該病跟遺傳有關，但病因不明，在一些文獻當中也有報道多囊卵巢綜合征的患者，測出基因是有問題的。但目前未表明是哪種具體基因一定可導致多囊卵巢綜合征的發生。