肌骨超聲這幾年應用雖然越來越廣泛，也受到了廣大患者和臨床醫生他們的關注和重視，但是每一項檢查都不是100%的完美，相對肌骨超聲來說也有它的不足之處，主要不足之處有： 1、說對于大的關節，肩關節和髖關節，關節內部的一些病變，有時候超聲它是聲波，會受到這些骨頭的遮擋，那么聲波就穿不進去，這個時候對大關節內部的這些病變，超聲的應用是受到限制的，這個時候還是要選擇磁共振或者是CT來檢查，這些影像學檢查之間CT、磁共振和超聲、X線，它們之間不能說誰能代替誰，它們是相互補充就發揮各自的優勢，提供更加準確的一些診斷信息； 2、肌骨超聲另外一個缺點就是它對操作者依賴性比較大，就是做超聲這個人的技術水平非常的重要，同樣是一張圖片有的人能看到問題，有的人就看不出來問題，它就是操作者從操作到出結果，這個診斷是一個人完成的。不像磁共振拍完片子以后，可以再拿過去讓另外一個大夫看，它是一個客觀的影像，超聲操作的時候還和操作這個人的手法，同樣有問題不一定能打得出來，打出來不一定認得到。所以它對超聲操作者的素質要求比較高，比如說對身體的解剖、病理包括臨床等等各個知識，知識面的要求也非常的廣。