小兒上呼吸道感染最常見的病原體是以病毒感染為主，70%左右小兒的病原可能是病毒，像比較常見的病毒有副流感病毒、柯薩奇病毒、埃可病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、冠狀病毒，都是容易引發小兒出現呼吸道感染比較常見的病原微生物。除了病毒以外就是細菌感染，也是比較常見容易引起上呼吸道感染的病原微生物，像在細菌里比較常見的是溶血性鏈球菌感染。其次可以是肺炎球菌、流感嗜血桿菌和葡萄球菌，也是容易引發小兒出現呼吸道感染的常見細菌。還有一些小兒的病原微生物可能是支原體或者衣原體的感染，也可以造成小兒的上呼吸道感染癥狀。不同的病原微生物引發小兒的癥狀可能會略有不同，同時對癥進行治療和療效也會有所差異。像一般的鼻病毒感染可能鼻子的癥狀相對比較多，像一些柯薩奇病毒引起的上呼吸道感染可能皰疹癥狀相對出現比較多。有一些小兒是溶血性鏈球菌感染，可能扁桃體感染的癥狀相對比較明顯，像支原體感染容易引發小兒出現咳嗽的癥狀。當然對于不同的病原微生物，所進行的治療方法也會不同。