如果長期局部使用降眼壓眼藥，通常有以下副作用：1、對眼表系統產生影響或者破壞，由于眼液含有濃度不等的防腐劑，對于眼表細胞以及眼表淚膜，均有明顯的破壞作用。而長期點用防腐劑，可能對淚膜穩定性以及角膜上皮，形成毒性損傷，引起淚膜不穩定，以及角膜上皮的毒性反應；2、對結膜杯狀細胞及結膜上皮細胞產生影響，長期點用降眼壓眼藥，可能對將來需要實行的抗青光眼手術，術后的效果有一定的影響，影響健康的濾過泡形成。對于長期點用降眼壓眼藥，患者應該持慎重態度，選擇點用次數少、副作用小的眼藥，還應該進行定期眼表綜合分析儀的檢查，判斷淚膜、角膜上皮、瞼板腺是否受到長期損傷，給予及時調整和治療。