牙周系統治療包括基礎治療，俗稱的潔牙、齦下刮治及根面平整，此外還有牙周的藥物治療。藥物治療包括作用于全身的抗菌藥物和局部使用的抑菌藥物。藥物治療與牙周基礎治療相配合，藥物治療起到輔助治療的作用，不是每個患者都需要藥物治療。牙周基礎治療是牙周治療的金標準，每位患者都需要機械治療，如齦上潔治術、齦下刮治術、根面平整術，將定植于牙周圍環境中的致病細菌清除掉。對于某些特殊患者，如牙周袋非常狹窄，解剖結構異常的患者，或者有全身系統性疾病的患者，如糖尿病患者，以及牙周病的急性狀態，比如牙周膿腫時，會服用系統性藥物，包括人工牛黃甲硝唑片。人工牛黃甲硝唑是一類抗厭氧菌的藥物，發生牙周疾病時，特別是慢性牙周炎首先應該接受專業的牙周治療。藥物應在醫生指導下使用。