肝臟囊腫直徑較小時，通常無任何癥狀，所以無需過多處理，當然治療肝臟囊腫也沒有藥物可以使用，通常要采取外科治療，當囊腫體積較大時，引起壓迫癥狀，如引起膽管梗阻和消化道的刺激癥狀，還有并發感染及囊內出血后，就需要進行外科干預。目前較常用的方法是腹腔鏡下開窗去頂術，因為大部分肝囊腫是有一半生長在肝臟內，一部分生長在肝臟外，我們就將肝臟外層的囊腫壁去除，剩余的囊腫壁再進行一些處理，減少囊液的分泌，后期還有囊液分泌，則可直接分泌到腹腔，因為我們有很多網膜，網膜的吸收功能很強大，可以吸收這些液體，這是最常用的一種治療方式，還有一些其他的方式，比如做囊腫抽吸、注射藥物，但治療效果較差，所以逐漸減少使用，主要的治療方式就是采用微創的辦法打孔，將囊腫外壁去除，手術方式簡單、安全、恢復快。