小兒肺動脈閉鎖的治療主要還是要依靠手術，因為作為一種先天性的心臟結構的畸形，光依靠藥物只能控制一些癥狀，手術是其唯一的治療方法，通過手術的修補，把病人的心臟結構修補到正常，給病人帶來治愈的福音。而不同的解剖分型，就意味著病人手術方案的不同，如果是心臟右心室三部分都發育良好的室間隔完整的肺動脈閉塞，可能在新生兒期或者是低年齡期，在小嬰兒的時期就接受一次性根治手術。那未來他的生活質量和自然壽命和正常人差不多。而有一些肺動脈閉鎖合并室間隔缺損的病人，確實不同的解剖分型，對手術方案的制定產生了很大的影響，如果自身肺動脈存在，發育良好的病人，手術方案可能就跟法洛氏四聯癥差不多，而手術的預后也跟法洛氏四聯癥差不多，他的自然壽命完全有可能接近正常人。那如果自體肺動脈沒有發育，或者是自體肺動脈發育很差，左右肺血依靠大型側支血管來供應的這些病人。這些病人，如果側支血管的位置可以，能夠做側支匯合手術，那醫生就可以把這些側支血管給他匯合收集起來，再和右心室系統和肺總動脈接通，那這些病人可能要通過分期手術分2期或者是分3期手術的方案來對他實施治療，那如果確實能夠成功的進行側支匯合手術，而且是在小年齡階段實施這種手術，那病人的預后還是非常不錯的。那有一些病人年齡很大了，而且側支血管的位置很不好，沒有這種明顯的粗大的側支，而是許多密密麻麻細小側支血管，特別是像C型的解剖結構的病人，完全沒有自身肺動脈他依靠各種細小側支來廣泛供應左右肺血，那這些病人往往是沒有實施根治手術的機會。那有一些病人年齡大了以后，只能通過心肺聯合移植來接受這樣一個治療。