人組織細胞制成的組織切片本身沒有顏色，在顯微鏡下無法進行識別，為了區別不同的細胞結構，就要對切片進行染色。切片染色方法有很多種，如H1染色法、免疫組化染色法、特殊染色等。一般的石蠟切片采用蘇木精-伊紅染色方法，蘇木精能夠使細胞核呈紫藍色，伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。不同的細胞組織，不同蛋白的著色深淺不一樣，使我們能從顯微鏡下區別不同種類的組織細胞。大多數的疾病都能夠依靠H1染色的切片做出正確診斷，有時候H1染色難以確診，就需要應用其他染色方法來輔助診斷，比如免疫組化染色法及特殊染色的方法等；比如淋巴瘤有很多種類、很多來源，要區分就需要加做免疫組化；比如結核病通常用抗酸染色，對病變組織里面進行染色，如果病變組織里面仍出現紅色的結核桿菌，就能夠確診。