正頜手術有風險，因為正頜手術是口腔科里的較大手術，對頜骨進行人為骨折，然后重新排列，術中會有出血等問題。 但對于頜骨錯頜畸形，只有正頜手術的方法可以解決，沒有其它方法。部分病人錯頜畸形非常痛苦，所以需要自己判斷衡量風險和收益的關系。比如飛機現在是最安全的交通工具，但飛機事故仍然會有，也會有少量偶爾報道。正頜亦是如此，有時有風險，但風險發生概率非常小，總體來說較安全。而且 隨著科學不斷進步，手術不斷改進，這種風險會越來越小。手術可以解決病人錯頜畸形的問題，有時收益遠遠大于風險。