早期診斷是治療腫瘤的關鍵，腫瘤標記物對提示惡性腫瘤有一定意義，具有方便快捷的特點。但是幾乎所有的腫瘤標記物均沒有特異性，不像一把鑰匙對一把鎖一樣。例如某些良性疾病，比如肝、腎功能不好時，也可能引起腫瘤標記物的升高，但是一般腫瘤標記物升高不會超過正常值的1倍以上。所以如果有些患者看到體檢中，僅腫瘤標記物升高就緊張，有可能是自己嚇自己。在腫瘤早期，大多數腫瘤標記物通常不會表現升高，所以除了對特定的一些高危人群外，一般用腫瘤標記物對大范圍的沒有癥狀的人群進行早期腫瘤篩查是不可取的，也是沒有意義的。由于腫瘤標記物的濃度與腫瘤的病情變化有一定的關系，所以腫瘤標記物的最大臨床應用，在于通過臨床治療前后的連續監測、跟蹤觀察病情變化以及評估療效，或者是對腫瘤的復發或者轉移做出早期判斷。尤其是一些手術切除癌變部位之后，相應的腫瘤標記物，如果手術之前比較高，而手術切除之后，迅速降到正常值范圍，這是一個好的預后信號。但是如果腫瘤標記物濃度下降比較慢，甚至長時間不能降到正常值范圍，有可能提示手術不太成功，或者是預后不好，將來容易復發。腫瘤標記物血清水平在下降后有持續升高，則是可能腫瘤復發或者是轉移的強烈提示。而且在許多情況下，這一信號的發出可以比臨床癥狀要出現早幾個月，所以腫瘤標記物，在惡性腫瘤的復發或者是轉移早期檢出上具有一定的價值。