如果巧克力囊腫手術以后復發建議選擇手術治療，繼續切除。巧克力囊腫即子宮內膜異位囊腫，本身非常容易復發。子宮內膜應該長在內膜層，如果順著輸卵管到盆腔種植，尤其種植在卵巢上，形成陳舊性血包，顏色像巧克力，所以稱為巧克力囊腫。患者做手術的時候，會把囊腫剝除，剝除有可能不會去除病根，會有內膜通過月經血逆流，再到卵巢種植或者殘留有活性的內膜細胞，會再次復發，越年輕的病人，雌激素水平越高，越容易復發。患者一旦復發長出囊腫，這個時候如果不去手術治療，可能囊腫會越長越大，侵蝕剩下的卵巢，將來保持卵巢的幾率就更小。巧克力囊腫有一定惡變幾率，會變成惡性的透明細胞癌，所以建議手術治療。行巧克力囊腫手術的患者應該定期復查，還可以適當用藥，比如避孕藥、GnRHa激動劑或者拮抗劑，降低雌激素，延緩或者降低復發幾率。