原發性腦內囊腫常見的是蛛網膜囊腫，蛛網膜囊腫往往是因為在先天發育的過程中，局部蛛網膜下腔腦脊液循環出現部分循環不通，引起腦脊液在局部潴留、蓄積導致囊腫。實際上囊腫里面的成分就是腦脊液，而且是正常的腦脊液。一些繼發囊腫，如腫瘤繼發往往是腫瘤結節，自身帶有一定的分泌性，可能會分泌液體出來，逐漸被包裹以后，隨著分泌液體逐漸增多而出現囊腫逐漸擴大。有一些寄生蟲也會產生分泌物液體，液體因為炎性刺激以后產生包裹，導致囊腫逐漸增大。