目前治療上分使用顯微鏡和不使用顯微鏡兩種辦法，來操作牙髓血運重建術。顯微牙髓血運重建術其實從字面上理解來說，就是使用顯微鏡來進行牙髓血運重建術。因為牙髓血運重建術需要在牙根大概1cm^2處進行無菌操作，形成生物支架，操作難度比較大。如果使用顯微鏡，能夠獲得更好的視野，對牙根進行更好地清理，同時使牙根獲得更好的無菌環境，這對牙髓血運重建術來說是成功的關鍵。另外，使用顯微鏡能夠更好地達到藥物的放置效果，達到更好的冠方封閉，能夠把牙齒更好地封閉起來，大大降低它后期再次感染的幾率。不過使用顯微鏡對于醫生的操作要求相對較高，需要比較熟練的操作技能以及豐富的經驗，才能夠進行操作。