牙周袋的形成機制是結合上皮向根方遷移，即病理性齦溝的加深，發展為牙周袋。正常情況下齦溝是有結合上皮的，結合上皮附著在釉牙骨質界，釉牙骨質界就是牙冠和牙根交界的位置。如果發生炎癥，如牙周的厭氧菌、細菌、微生物引起結合上皮破壞，周圍牙齦結締組織炎癥反應導致結合上皮向根方遷移，形成牙周袋。對于牙周炎的患者，牙周袋形成一方面是結合上皮向根方的遷移，同時可能會有軟組織和牙床，專業術語為牙齦出現炎癥、紅腫、腫脹，同時向冠方也有移動。所以臨床上實際牙周袋的深度既有結合上皮向根方的遷移，也有牙齦邊緣向冠方的增生、紅腫所導致。