顱內感染多數可治好。如病毒性顱內感染，若給予足量足療程抗病毒藥物，腦脊液內的病原體被殺死后，疾病則治好。 細菌性、真菌性也可完全殺死，只是患者較關心的是此疾病治好后是否會留后遺癥，此方面則完全有可能，部分患者可能顱內感染后腦組織損傷較嚴重，病原體殺死后，即治愈后，還會遺留反復的癲癇發作或智能減退，如癡呆的表現，也可能遺留肢體癱瘓，此種情況并非未治愈，只要將腦內病原菌殺死，足量足療程治療結束，此疾病則治好。 但因腦組織損傷較厲害，或病程較久，可能會留后遺癥。還有一種較特殊的顱內感染，即HIV感染，HIV長期感染后也可到腦組織內，但HIV本身是不可治愈的疾病，所以如果是HIV引起的顱內感染，治療效果可能不佳。