顱內感染對大腦的損害不同，其后遺癥的差別很大。輕型的病毒性腦炎治愈后可完全恢復，無后遺癥；中型的顱內感染可損壞部分大腦細胞，導致一些后遺癥如精神障礙、記憶力減退、智力減退、學習能力下降或反復發作的癲癇；更嚴重的顱內感染，可導致一些不可逆的損傷，如癡呆、生活不能自理甚至死亡。所以，根據感染的病原體不同，其后遺癥從無癥狀至死亡，癥狀不同。此外，亦與治療的醫院、治療的程度以及治療的及時性和準確性有關。