ERCP取石也是一種手術，雖然是微創手術，但它也是一種手術。任何手術都有一定風險，只是有概率的大小。另外，該手術的風險還跟疾病本身，如膽總管石頭都非常大，化膿性膽管炎，膽囊炎癥水腫很厲害，或本身有基礎疾病如肝硬化，或部分病人有血友病，或部分病人有高血壓，血壓高的病人如果取石做切開容易出血。部分病人因為血小板功能不好，有吃抗腦血栓或防止血小板聚集的藥，如氯吡格雷或阿司匹林，都要提前暫停5-7天，再做ERCP的風險也會降低。該手術操作最好選擇比較熟練的醫生，因為該區域是比較危險的地方。如果在操作不熟練的情況下，容易出現并發癥，如本來要插膽管，但插到胰管去，可能誘發胰腺炎。要選擇膽總管的切開，選擇大概11點鐘的方向進行切開，而且不能太快，技術操作都會有影響。最主要常見的并發癥是出血、穿孔，合并感染以及胰腺炎等并發癥。ERCP的風險有，但總體來說整個ERCP的操作是微創，風險出現的概率非常低，跟外科來比ERCP各種各樣的并發癥要低得很多。所以認為ERCP是創傷小，恢復快，住院病程短，效果好的一種手術方式。