通過迷走神經刺激治療癲癇，主要是通過脈沖發射器發射電流以后，通過迷走神經傳到顱內，對顱內的異常放電有抑制作用，從該角度來說其并沒有副作用。但迷走神經非常長，迷走神經可以支配咽喉部、心臟、肺、肝以及胃等器官，所以迷走神經刺激，設置了一個吸收裝置，即只能往上刺激，往下面走的電流基本上都被吸收掉。患者術后最常出現的癥狀是干咳以及喝水可能會嗆，因為迷走神經其中有一個分支支配咽喉部，如果術中對其進行騷擾以后，可能會導致聲音嘶啞或飲水嗆咳等反應，但基本上以上不良反應在術后3-5天就可以完全消退。每次調高刺激參數時也有可能會導致干咳或聲音嘶啞，一般在一天左右也會消退，所以迷走神經刺激對于心臟、肺等器官基本上都將電流吸收掉，出現副作用的可能性微乎其微。最常見是對咽喉部的刺激，基本上以聲音嘶啞和干咳為主，即便是出現也很快能適應、能消失。