真菌性角膜炎一般侵犯的是角膜，在角膜上引起病變，比如引起角膜的卡壓、疼痛，或者眼部輕微的不適等，侵犯角膜之后引起一種偽足或者衛星狀的病變，在潰瘍周圍，容易引起上皮壞死、膠原溶解，或者抗原抗體形成免疫環，角膜的基質層容易受到進一步損害，甚至變性壞死，從而向角膜深部的炎癥發展，有時會引起前房的積膿，比如前房的膿樣分泌物，或者角膜的后緣有一些沉著物，在這個情況下就會引起角膜穿孔。如果真菌性角膜炎治療不及時，用藥時間不夠長，就必須要手術治療。