尿道下裂手術是唯一的治療方式，其手術方式有上百種，但是因尿瘺、尿道狹窄等并發癥的發生率較高，目前來看治療效果并不盡如人意。對于前型或中型的尿道下裂，畸形率比較輕，可以考慮一期手術；對于重度的尿道下裂，如陰莖陰囊型或會陰型的尿道下裂，伴有較嚴重的陰莖下曲，主張分兩期做手術。第一期進行陰莖下曲的矯正，預埋好第二次手術腹側的皮瓣，半年后做第二期的尿道板卷管尿道成形術，然后陰莖頭成形術。對于重度尿道下裂的手術主張分兩期做，可以使形態更美觀。