胃鏡管子通常并非一次性，多是由特殊軟性材料制作而成，可以反復應用。每一次做完胃鏡檢查后，醫生都會對管子進行嚴格消毒。 此外，胃鏡檢查之前要先檢查乙肝及肝功能情況，目的是發現有無乙肝傳染病。如果患者有傳染性疾病，要按照傳染病消毒方法處理，嚴格程度會更高，需要沖刷、洗滌，并延長在消毒液中浸泡時間，然后再沖刷、洗滌、晾干，放置在專門無菌容器中。