對于尿道的尖銳濕疣，可以通過激光進行切除，但藥物涂抹較為復雜。目前對于尿道口涂藥通常需將干擾素涂抹到尿道口中，并應完善消毒措施，而且在涂藥后需要擠壓尿道時藥物作用到濕疣表面，但通常效果不佳。對于此類患者可選擇尿道灌藥的方法，將5-氟尿嘧啶灌入尿道并作用于存在濕疣的部位。尿道涂藥的療效不佳，且易引起尿道感染，并且患者自行涂抹藥物的方法通常并不正確。若患者在醫院涂抹藥物，可以充分消毒后在尿道口涂抹抗病毒的藥物，包括干擾素以及5-氟尿嘧啶等，存在一定的效果，但作用較為有限。