胃鏡檢查需進入消化道，而消化道存在黏膜，進行胃鏡檢查的過程中可能蹭破黏膜，如胃潰瘍或十二指腸潰瘍的患者進行胃鏡檢查時，如果胃鏡上存在其它患者的帶有病毒的體液，則可能導致感染，此為醫源性感染。所以現在對于醫源性感染的問題要求較嚴格，即需要準備較多胃鏡，且每進行一次胃鏡檢查后均需進行正規的消毒過程。 患者認為做胃鏡檢查后感染了乙肝病毒時，首先需確認感染的順序，其次分析時間關系。乙肝感染后的潛伏期是1-6個月，多數在3個月。建議做胃鏡檢查前先檢查自身是否存在乙肝病毒，避免并未了解自身患有乙肝的受檢者在胃鏡檢查后發現乙肝病毒陽性，認為是胃鏡檢查導致的感染乙肝病毒。