因為滴蟲性陰道炎可以同時有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴蟲的感染，因此要想治愈此病，需要進行全身用藥。主要的治療藥物是硝基咪唑類的藥物，全身用藥初次治療可以選擇甲硝唑2g，單次頓服，或者用替硝唑2g，單次口服，也可以用甲硝唑，400mg,每日2次，連用7天，口服藥物的治愈率能夠達到95%，服用甲硝唑者，服藥以后12-24小時之內，是要避免哺乳，服用替硝唑者服藥后3天之內不要哺乳。滴蟲性陰道炎因為屬于性接觸傳播，因此性伴侶需同時治療，并且告知患者性伴侶治愈前一定避免無保護性交。滴蟲性陰道炎還需要做局部治療，先用肥皂棉球擦洗陰道壁，并且用0.02%高錳酸鉀溶液或者溫開水沖洗陰道，再用酸性的洗劑，比如說1%的乳酸或者0.5%的醋酸來擦拭。陰道可以放置甲硝唑或者奧硝唑類內的栓劑。