關于胰頭囊腫的去除，很多情況下較小的胰頭囊腫無需處理，因為其常與大胰管、小胰管經常相通，如果貿然切除，可能導致胰瘺。出現胰瘺可能十分危險，因為胰瘺分泌胰液，胰液一旦被激活后相當于可以消化自身的液體，并可以腐蝕大血管，腐蝕周圍組織。所以對于較小的囊腫，如果沒有癥狀并不推薦切除。 若將大囊腫切除則需進行手術，胰腺囊腫與正常胰腺組織界限較為清楚，所以會讓手術變得更為方便、簡單。一般情況下若手術切除，局部切除即可達到治療效果。如果胰頭囊腫與十二指腸下端關系都非常密切，則必然要進行胰十二指腸切除術。