做任何手術都具有一定風險，但是血栓清除的手術風險是可控的。大部分風險在于手術操作過程中可能出現血栓脫落的情況，較小的血栓脫落不會引起太大的問題，但是較大的血栓脫落會導致致死性肺栓塞，但這種風險發生的幾率也是很低的。 國外通常都不提倡術中直接使用下腔靜脈的濾器，但是國內指南表示更希望病人能夠安全度過手術階段，所以可以術中放可回收的濾器，一旦血栓完全清除掉后，把濾器回收，這樣既沒有發生致死性肺栓塞，體內也不存在任何異物；其他的手術風險包括穿刺的并發癥、血管破裂，通常這些風險發生率很小，因為靜脈的壓力低，不會造成很嚴重的出血。 還有就是在術中有失血的風險，但是這種失血大部分都是可控的，出血量約200-400ml，對于正常人來說，這些失血量不會造成大的影響。